学校有基础医学院、临床医学院等19个教学单位，设有临床医学、预防医学、法医学等33个本科专业，已形成以医学教育为主体，涵盖医、理、工、管、文五个学科门类，本科教育、研究生教育、继续教育、留学生教育、中外合作办学协调发展的多层次办学格局。
学校有国家级特色专业建设点、综合改革试点项目、卓越医生教育培养计划4项；省级特色专业、应用型人才培养专业发展支持计划项目、高水平应用型重点建设专业、卓越工程师教育培养计划等项目12项；有国家级示范中心、国际合作实验室4个；省级重点学科和重点实验室、实验教学示范中心、人才培养模式创新实验区、教学团队等23个；国家级精品课程、精品资源共享课、省级精品课程等34门；拥有临床医学硕士专业学位授权点。
中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠学校，主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》和《济宁医学院学报》，均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名，并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”。
学校坚持“为国家育人才，为大众谋健康”的办学宗旨，秉承“明德、仁爱、博学、至善”的校训，弘扬“求精、求是”的校风，薪火相传，矢志不渝，不懈奋斗，形成了“诲人不倦”的教风和“学而不厌”的学风。紧紧围绕建设“特色鲜明、国内知名的应用型现代医药科技大学”的宏伟目标，致力于培养“品德高尚、业务精湛、身心健康”的应用型人才，为国家和社会输送了大批专门人才。
