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学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所）。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续9年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2019年度分别排名第56位、第58位、第98位。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位14100余张，年门诊量近1200万人次，年收治住院病人40余万人次。此外，学校还有27所非直属附属医院和18所教学医院，分布在重庆、成都、西安、深圳等地。
