医教协同发展深入推进。建有2个国家医师资格考试（临床类别和口腔类别）实践技能考试基地，拥有2所直属附属医院、5所非直属附属医院、41所教学医院和91个校外实训基地。
人才培养质量稳步提高。毕业生就业率连续多年保持在99%以上。2021届本科毕业生中，硕士研究生考试报考率近50%，上线率44.3%，录取率30%。学生积极参加全国、全省及海峡两岸各类竞赛，近三年获国家级一等奖34项，二等奖44项，三等奖58项，优秀奖8项；获省级一等奖19项，二等奖32项，三等奖47项，优秀奖10项。2020年，学校首批临床医学专业学生全部参加国家临床医学专业（本科）水平测试，其中理论考试通过率为90.2%，高于全国平均通过率近20个百分点，临床实践技能考试通过率为100%。
对外交流合作逐步扩大。已同德国科隆实践应用科技大学、韩国大田大学、韩国大邱韩医大学、韩国大邱加图立大学、韩国金泉大学、台湾阳明大学、台湾慈济科技大学、台湾辅英科技大学等院校签署了合作协议，广泛开展互派学者、学生交流、科学研究等方面的合作。
目前，厦门医学院正在福建省委省政府、厦门市委市政府的领导下，在学校党委的带领下，坚持党建引领，力争在未来3到5年，办学规模超过一万人，通过高位嫁接，实现弯道超车、跨越发展，走出一条‘医、护、药、技’多学科特色发展之路，建成区域一流的高水平应用型医学本科高校。
