学校主动对接国家和区域战略需求，着力打造具有影响力的高水平学科和科研平台。现有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等博士学位授权一级学科6个，临床医学、口腔医学等博士专业学位授权点2个；硕士学位授权一级学科9个，硕士专业学位授权点9个。现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，4个博士后工作站，2个院士工作站。临床医学、药理学与毒理学、化学和神经科学与行为学4个学科进入ESI全球排名前1%。现有血液病学等国家级重点学科（专科）15个，临床医学、基础医学等省级重点学科（专科）60个，拥有肿瘤免疫药物开发国家地方联合工程研究中心以及消化道恶性肿瘤教育部重点实验室、福建省新药安全性评价中心、福建省新药研发中心、福建省重点实验室、福建省高校重点实验室、福建省高校特色新型智库等74个省部级科研平台。“十三五”以来，承担各类科研项目5000多项，发表SCI收录论文8400多篇。获中华医学科技奖、福建省科技进步奖、福建医学科技奖等143项。
学校拥有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属第三医院、附属口腔医院、附属平潭协和医院等6所直属附属医院，编制床位数8500多张。拥有协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、妇儿临床医学院等7所临床医学院。在福建省设有非直属附属医院13所，临床教学医院23所，专业实践教学基地96个。附属协和医院、附属第一医院和省立医院是福建省首批建设高水平医院，附属医院10个专科医学中心纳入省高水平临床医学中心建设。附属协和医院、附属第一医院连续7年进入香港艾力彼医院管理研究中心“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”。在复旦大学医院管理研究中心发布的排行榜中，附属协和医院、附属第一医院双双进入中国医院百强排行榜；附属医院11个专科进入全国专业声誉排行榜（提名）；44个专科进入华东区医院专科声誉榜（提名）。附属第一医院滨海院区是国家区域医疗中心，附属第二医院是福建省南部区域医疗中心领衔医院。附属口腔医院在口腔疾病诊疗及科研方面全省领先。附属医院及临床医学院中拥有“国家级住院医师规范化培训基地”16所（全省共22所），附属协和医院入选首批国家临床教学培训示范中心。
当前，福建医科大学正在加快推进“双一流”建设，坚定不移加快建设特色鲜明国内一流的医科大学，努力为健康中国、健康福建建设和实现中华民族伟大复兴的中国梦作出新的更大贡献。
