学校现有直属附属医院1所，是国家三级甲等蒙医综合医院，是全国唯一一家国家级重点蒙西医结合医院，也是国家执业医师考试考点、国家首批蒙医住院医师规范化培训基地、国家临床住院医师规范化培训基地、国家临床技能培训示范基地，有卫生技术人员2125人，开放床位1530张。有非直属附属医院4所。
近年来，学校获得多项荣誉。2009年学校被评为全国“民族团结进步模范集体”，2012年被评为“全区对外文化交流工作先进单位”，2017年被评为“全区民族团结进步先进集体”，2014年附属医院和蒙医药学院分别被评为“全国民族团结进步模范集体”、“全国教育系统先进集体”。
学校以*思想为指导，坚持*，以铸牢中华民族共同体意识为主线，全面贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，扎根祖国北疆，深化综合改革，推进内涵建设，服务国家发展战略和民族地区经济社会发展，建设人民满意、特色鲜明、区域一流的高水平大学。
